Dit gebouw is oorspronkelijk in de 11e eeuw uit turfsteen opgetrokken. Omstreeks 1300 werd het toenmalige bouwwerk vergroot en voorzien van een imposant westwerk bestaand uit drie torens. Binnen de muren van de kerk rust volgens de overlevering het gebeente van de op 28 oktober 1520 gestorven Grutte Pier. Het kerkorgel is van de beroemde orgelbouwer Schnitger uit 1710.

Gegevens over de stichting van de eerste kerk in Sneek zijn er niet, wellicht was deze al voor het jaar 1000 een feit. Het begin van de religieuze geschiedenis van Sneek kan op basis van archeologisch onderzoek worden gelegd omstreeks het jaar 1050 wanneer hier een tufstenen kerkje wordt gebouwd. Opmerkelijk is dat het een kerkje met zijbeuken was, wat duidt op enige allure. De kerk was gewijd aan SintMaarten een redelijk populaire heilige in het noorden en een aanwijzing dat de bisschop van Utrecht een rol van betekenis speelde bij de stichting van de kerk. In de 13de eeuw werd een nieuwe kerk gebouwd in de toen in zwang zijnde romano-gotische stijl die twee extra torens kreeg, ook weer een indicatie dat de kerk iets meer was dan alleen parochiekerk. Er wordt wel verondersteld dat het iets te maken heeft met de aanwezigheid van het klooster van de Johannieters net buiten de stad. Pas in de 15de eeuw wordt de kerk in documenten genoemd en wordt hij ook afgebeeld in het stadszegel. Via oude Friese geschiedschrijvers weten we dat in 1498 begonnen wordt met de bouw van een geheel nieuwe kerk. Het werd een gotische kerk van rode baksteen. Omstreeks 1530 is de kerk min of meer voltooid. Tot de bouw van een nieuwe toren is het niet meer gekomen; aan de westzijde handhaafde men de torens van de oude kerken. Dit drietal torens was een curiosum, de middelste toren was van tufsteen en hoorde wellicht bij de oudste kerk, de twee buitenste torens hoorden bij 13de eeuwse kerk. De Martinikerk is als katholieke kerk gebouwd met alle kenmerken van dien.